Bionic Commando

Sono passati dieci anni dal conflitto scoppiato fra gli Imperiali e la Federazione nel corso del primo Bionic Commando. Dopo avere sconfitto il regime fascista degli Imperiali e Albatross, la loro macchina da guerra, Nathan "Rad" Spencer è diventato responsabile dell'addestramento di un nuovo commando di agenti speciali bionici. Sotto la supervisione del direttore del TASC, "Super" Joe Gibson, i soldati bionici sono diventati l'arma bellica più importante degli FSA, ovvero degli Stati Federali d'America, ma non tutti vedono di buon'occhio la nuova tecnologia. Alcuni temono infatti che sia il primo passo verso una nuova corsa agli armamenti; altri si chiedono cosa ne sarà dei normali esseri umani in un mondo di esseri bionici superpotenti.

Da molte parti dell'opinione pubblica cominciano a sorgere appelli per la messa al bando dei bionici. Seguono delle manifestazioni, che sfociano in disordini. Fra la tensione crescente, un gruppo di bionici ribelli viene accusato di promuovere un'insurrezione contro gli FSA. Si avvia un'inchiesta presidenziale e l'agente del TASC Nathan Spencer, un uomo la cui statua decora il Viale degli Eroi, è accusato di essere coinvolto nella ribellione. Viene subito arrestato, privato del suo braccio bionico, processato e condannato. Spencer, nonostante dichiari la sua innocenza, viene condannato a morte per tradimento da un tribunale militare.

È il pretesto che occorre al governo per intervenire contro i bionici. Viene firmato un provvedimento legislativo, che prende il nome di Epurazione bionica e mette fuori legge non solo la produzione di questa tecnologia, ma anche il suo possesso. Dall'oggi al domani i soldati sono costretti a restituire le loro protesi bioniche, ma per alcuni di loro questo è più facile a dirsi che a farsi. Rinunciare a questi impianti significherebbe infatti perdere le capacità motorie o visive; per molti soldati, rimasti feriti nel compimento del loro dovere, le protesi bioniche fanno la differenza fra la vita e la morte.

Non disposti a rinunciare alle loro estensioni bioniche, dozzine di soldati fuggono e si nascondono sottoterra, dove vengono accolti a braccia aperte da un'organizzazione clandestina, che vuole impossessarsi della tecnologia bionica per i propri scopi e che ha anch'essa motivo di odiare gli FSA per la distruzione dell'Albatross. Spencer e gli FSA avevano dato il colpo di grazia agli Imperiali, ma la loro ideologia non si è estinta. Né si è estinto il "Master DNA", il piano che gli Imperiali chiamano Master-D e con il quale intendono resuscitare un dittatore morto da tempo, da loro chiamato semplicemente il Leader. Insieme ai disertori del TASC, gli Imperiali tramano per annientare gli FSA con attentati esplosivi e prendendo di mira piccoli obiettivi del governo, diventando a poco a poco sempre più potenti. Il nome della loro organizzazione è Bionic Resurrection Initiative, o BioReign.

Cinque anni dopo l'inizio dell'Epurazione bionica e una serie di piccoli attentati, il BioReign entra in possesso di una bomba dalla colossale potenza distruttiva, chiamata Sterminatrice. L'ordigno viene fatto esplodere ad Ascension City, la metropoli vanto degli FSA. L'energia cinetica sprigionata da quest'arma di distruzione di massa sperimentale raggiunge il nucleo terreste e scatena un terribile terremoto che rade la città al suolo. Dopo l'attentato, il BioReign esce allo scoperto e occupa la città, prendendo il controllo del forze che difendono il suo spazio aereo. I terroristi hanno il dominio assoluto della città ma i loro scopi rimangono oscuri, e dopo avere fallito i loro attacchi con l'esercito e l'aeronautica, gli FSA si trovano senza risorse.

È allora che Super Joe si rende conto che esiste un'ultima speranza: Spencer. Un uomo finito, nel braccio della morte, in attesa di essere giustiziato, privato della tecnologia bionica che lo aveva reso speciale. Ma anche un uomo che, se ricongiunto al suo braccio bionico, è l'unico in grado di muoversi nello scenario di una città distrutta. L'unico con l'esperienza necessaria per combattere e sconfiggere le forze che hanno dato vita al BioReign... l'unico che non ha più niente da perdere.